碩士班：設立碩士班，為因應校務發展計畫之提昇研究能量，為國家培育醫藥化學及應用化學之高級研發人才，即著重於基礎理論紮根、實驗技能的瞭解於與純熟的應用，並具有自我開發之 能力。在醫藥化學與應用化學領域中，朝向尖端醫藥品與醫療器材等相關應用研究與特色。

博士班：設立博士班，除了規劃了本校唯一之博士班資格考制度的採計點方式，增進涉獵多樣期刊 論文新知，強化博士班之實驗技能與自我開發能力外，更著重於深化研究的品質與擴大學生 國際視野。在醫藥化學與應用化學領域中，朝向尖端醫藥品與醫療器材等基礎學理探討與應 用兼顧的研究特色。

碩專班：因應校務發展計畫之社會關懷服務等指示下，碩專班設立目的在強調回教育，在國家醫藥化學及應用化學產業科技需求中，為國家進修醫藥化學及應用化學相關之專業人才，期能在產業界培育具前瞻性視野與專業負責的醫藥化學及應用化學人才。在醫藥化學與應用化學領域中，朝向基礎學科紮根與實務專題研究兼顧的特色。（於98學年度起停招）