教學規劃

• 增進在醫藥化學、藥品領域之師資、設備與教學能量，為國家培育在醫藥化學、藥品領域基礎之專才，冀能配合國家醫藥、生物科技產業之需求，注入新力軍、使得人盡其才，以厚實國家長期科技發展之基礎。
• 增進在應用化學於生醫材料及材料化學應用領域之師資、設備與教學能量，為國家培育生醫及材料領域在應用化學方面的基礎專才，冀能配合國家生醫科技產業之需求，注入新力軍、使得人盡其才，以厚實國家長期科技發展之基礎。
• 研究所之教學目標主在培養研究生更專精之學門知識、更為純熟的實驗技能與發掘問題並自行解決之能力。其中碩士班研究生著重於實驗技能的瞭解於與純熟的應用，並具有開發之能力，目標在培養高級研究人才。博士班研究生之教學目標主在培養獨立研究及研究領導人才。除實驗技能外，更著重於擴大學生視野。以期培養在醫藥合成、鑑定、生醫材料及應用化學相關領域之專門研究人才。

教學目標

• 大學部：
  因應校務發展，配合精緻型醫學科學大學大環境，本系設立目標在迎合世界醫藥化學及應用化學科技發展趨向及國家重點科技需求。期許能為學界及產業界培育品德優良且專業負責的醫藥化學及應用化學人才，即醫藥應用科技之基礎在於化學科學，而醫藥暨應用化學知識與技術中，涵蓋醫藥科技為發展目標。在兼顧化學各主要領域之教學外，發展有別於一般大學化學系之醫用化學為其特色。
• 碩士班：
  因應校務發展計畫之提昇研究能量，本系設立碩士班研究所目的在為國家培育醫藥化學及應用化學之高級研發人才，即著重於實驗技能的瞭解於與純熟的應用，並具有自我開發之能力。在醫藥化學與應用化學領域中，朝向尖端醫藥品與醫療器材等相關應用研究與特色。
• 博士班：
  因應校務發展計畫之提昇研究能量，本系設立博士班研究所目的在為國家培育醫藥化學及應用化學之獨立研究人才，除了實驗技能與自我開發能力外，更著重於深化研究的品質與擴大學生國際視野。在醫藥化學與應用化學領域中，朝向尖端醫藥品與醫療器材等基礎學理與應用兼顧的研究特色。
• 碩專班：      101學年度停止招生
  因應校務發展計畫之社會關懷服務等指示下，碩專班設立目的在強調回流教育，在國家醫藥化學及應用化學產業科技需求中，為國家進修醫藥化學及應用化學相關之專業人才，期能在產業界培育具前瞻性視野與專業負責的醫藥化學及應用化學人才。在醫藥化學與應用化學領域中，朝向基礎學科紮根與實務專題研究兼顧的特色。