研究所之教學，主旨在培養碩、博士班研究生能獲取更專精之專門知識、更為純熟的實驗技能，發掘問題並自行解決問題之能力，在人際關係上更加的溫潤圓滑。其中，碩士班研究生須著重於實驗技能的瞭解於與純熟的應用，並培養具有開發能力的研究人才。而博士班研究生之教學，則培養獨立研究及研究領導人才，除實驗技能外，更著重於擴大視野。以培養在醫藥合成、鑑定、生醫材料及應用化學相關領域之學用合一專業研究人才。

特色

為因應台灣及全球產業轉型，培育醫藥與應用化學領域研發人才，本系碩士班課程著重於基礎理論紮根、實驗技能的了解與純熟的應用。在醫藥化學與應用化學領域中，朝向尖端醫藥品與生醫材料或相關尖端領域等應用研究與特色。本系期許能以化學視野角度出發為學界及產業界培育專業負責的醫藥化學及應用化學的研發人才。

本系博士班課程著重於以全球化的視野角度，培育在醫藥及應用化學相關領域高級研發人才。期許博士班學生能涉獵跨領域期刊論文新知，強化自我實驗技能與開發新研究領域能力外，在醫藥化學與應用化學領域中，朝向醫藥品與生醫材料或相關尖端領域等基礎學理探討與應用兼顧的研究特色。本系冀望能以化學視野角度出發為學界及產業界培育能思考及創造未來方向的醫藥化學及應用化學的高階研發人才。